Listado real de capítulos de Águila Roja

1ª temporada 13 episodios
1. Águila Roja
2. El Conde de Queiroz
3. La fiesta de la Marquesa
4. La puerta misteriosa
5. Preparando a Alonso para luchar
6. La elección de Gonzalo
7. Gonzalo es torturado
8. El guerrero oriental
9. Atentar contra el Rey
10. La unión hace la fuerza
11. Buscando al asesino de niños
12. La Marquesa, acusada de traición
13. Lucha a muerte entre Águila Roja y el Comisario

2ª temporada 13 episodios
14. Gonzalo descubre un secreto de sus orígenes
15. Águila Roja continúa su búsqueda
16. El secuestro de Margarita
17. Buscando a Margarita
18. ¿La Marquesa embarazada?
19. Intento de asesinato en palacio
20. El bosque maldito
21. El medallón, pieza codiciada por el Cardenal
22. El accidente de Nuño
23. El comisario, atacado
24. Carreras de burros
25. Se anuncia una boda
26. Gonzalo, a punto de abandonar su búsqueda

3ª Temporada 13 episodios
27. La noche de bodas
28. La vida del héroe, en peligro
29. Difíciles momentos para la Marquesa
30. Encargo real
31. Proposición de matrimonio
32. Encerrada en el refugio
33. Un misterioso castillo
34. Muertes y engaños
35. El pirata Richard Blake apresado
36. Nuño espera su ejecución
37. Felipe Próspero, gravemente enfermo
38. Bienvenida, madre Isabel
39 La peste asola la villa

4ª Temporada 13 episodios
40.Convoy a Mongolia
41. Los niños del hospicio
42. La confirmación de Nuño
43. La Marquesa, celosa
44. El doble compromiso de Juan
45. Mateo llega a la villa buscando fortuna
46. La Marquesa se marcha a Viena
47. Encuentro entre Águila Roja y el padre Alejandro
48. Reencuentro con un amor de juventud
49. El Duque de Alba llega a la villa
50. El Comisario, relevado de su cargo
51. Un cadáver aparece despedazado
52. Águila Roja y Sátur, ante un nuevo misterio

5ª Temporada 17 episodios
53. El Rey intenta evitar un conflicto internacional
54. Un famoso torero acude al palacio de la Marquesa
55. A Sátur se le aparece la Vírgen María
56. Aparecen recién nacidos asesinados
57. Águila Roja y Sátur quedan encerrados
58. Gonzalo se preocupa por su hijo
59. Juan es conducido a una cárcel militar
60. Sagrario y Jacobo ocultan el secuestro de Nuño
61. Gonzalo y Margarita asisten a una boda
62. La identidad de Águila Roja al descubierto
63. Gonzalo se siente atraído por Eva
64. Lucha de gladiadores en honor del Rey
65. El capitán Patrick se queda prendado de Margarita
66. Margarita permanece secuestrada por el capitán Patrick
67. Jacobo se enamora de Ana
68. Gonzalo huye de la villa
69. La llegada de la Marquesa

6ª Temporada 8 episodios*
70 Águila Roja descubre que el Comisario mató a su madre
71. El encuentro entre Margarita y monseñor Adrián
72. Águila Roja y Sátur intentan salvar la vida a sus hijos
73. Águila Roja y Sátur posponen su búsqueda de la "Puerta Negra"
74. Las autoridades ofrecen una recompensa a quién capture a una enorme bestia
75. Gonzalo recibe la visita de alguien muy querido procedente de las Américas
76. Una maldición en el palacio de Santillana enturbia el cumpleaños de la reina
77. Sátur necesita conseguir dinero para que su hijo estudie música

7ª Temporada 13 episodios
78. Un tornado azota la villa
79. Los hombres del Cardenal torturan e interrogan a Cipri
80. Águila Roja y Sátur viajan a la playa esperando encontrar a Cipri
81. Sátur será el primer hombre capaz de volar
82. Gonzalo le pide a Lucrecia que cuide de Alonso
83. Gonzalo y Sátur más enfrentados que nunca
84. Gonzalo finge su propia muerte
85. Lucha de titanes entre Gonzalo y Hernán
86. Fenómenos extraños ante la llegada del Sucesor de Cristo
87. El sucesor es crucificado junto a Monseñor y Satur
88. La piedra filosofal
89. El Águila Roja impostor y el cumpleaños de la marquesa
90. El regreso de Cristina desde el más allá

8ª Temporada 13 capítulos
91.
92.
93.
94.
95.
96.
97.
98.
99.
100. capítulo especial
101.
102.
103.

Indica el comienzo /corte de emisión irregular por parte de TVE.

*Cuando se produjo el periodo de crisis en TVE y Águila Roja estuvo más de un año sin emitirse, se aseguraron de tener los suficientes capítulos en la nevera pues había riesgo de que Globomedia vendiese la serie a la competencia, por ello, se grabó una 5ª temporada de 17 episodios. Más tarde se encontraron con que había que recortar presupuestos, y grabaron la siguiente (6ª Temporada) con un total de 8 capítulos.