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Pol Rubio está a punto de vivir una nueva etapa de su vida, probablemente una de las más importantes. Tras finalizar la educación secundaria, con ese triste sabor de boca por la muerte de su maestro Merlí, el personaje de Carlos Cuevas está decidido a seguir su corazón y se matricula en Filosofía, donde comenzará una vida totalmente nueva para él, lejos de todos aquellos con los que caminó durante tantos años.
O no de todos. Bruno (David Solans) todavía sigue formando parte de su vida y van a ser muy importantes el uno para el otro, ya que ambos comparten el sentimiento del duelo. Pero, además, las confesiones y los amores marcarán también la relación entre los dos, una relación que estuvo marcada por el amor y la pasión, tal y como finalizó 'Merlí'.
Sin embargo, 'Merlí: Sapere Aude' tiene otra protagonista: María Bolaño, personaje al que da vida María Pujalte. La profesora va a ser un apoyo para Pol, ayudándole a seguir el camino de la Filosofía donde ya comenzó a adentrarse de la mano de Merlí. Entre María y Pol se crea una relación muy especial de profesora-alumno, pues el joven seguirá creciendo y viviendo experiencias hasta ahora nuevas para él sin dejar de lado la reflexión.
