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Cuando a Rebecca Madsen (Sarah Jones), detective de San Francisco, le asignan un nuevo y espeluznante caso de homicidio, encuentra una huella digital que apunta a un sospechoso nada común: Jack Sylvane (Jeffrey Pierce), un ex inquilino de Alcatraz que murió hace años.

Ya que tanto su abuelo como su tío, Ray Archer (Robert Forster), han sido vigilantes de la famosa prisión, a Rebeca le provoca tanta curiosidad el caso que no parará hasta dar con la verdad. Aunque Emerson Hauser (Sam Neill), agente del Gobierno, intentará ponerle trabas.

Para investigar más a fondo sobre Alcatraz, la detective se reúne con el experto de Alcatraz, Diego Soto (Jorge Garcia). Juntos intentarán explicar cómo es posible que la huella de un muerto esté presente en un asesinato reciente. Ambos descubrirán que Sylvane está vivo, y que además está dejando un reguero de cadáveres a su paso. Y, lo que resultará todavía más extraño es que no ha envejecido desde que estuvo en La Roca. Tiene el mismo aspecto que en los tiempos en los que ‘La Roca’ estaba controlada con mano de hierro por Warden Edwin James (Jonny Coyne) y el exento de piedad E.B. Tiller (Jason Butler).

Madsen y Soto entran a formar parte de la Unidad Especial del agente Hauser, pero se alían frente a él y su mano derecha, Lucy Banerjee (Parminder Nagra), para intentar detener la masacre que se está provocando Sylvane.

Escarbando en la historia de Alcatraz y en el propio pasado de Rebecca, descubren las cortinas de humo que siempre ha lanzado el Gobierno para tapar todo lo que pasó el día que se cerró la prisión, y se dan cuenta de que lo que pasó con Sylvane es sólo la punta del iceberg.