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En el lecho de muerte, un árbitro de boxeo le pide a Rush y a Valens que reabran un caso de 1976. Ese año un luchador murió, después de haber sufrido una terrible paliza en un combate que tendría que haber sido detenido.

Los investigadores intentan averiguar por qué se permitió que un boxeador inferior muriera en el ring, y descubren que existen varias personas que tienen motivos sólidos para responsabilizarlos de su muerte.

En 1987 una niña es asesinada por disparos. Ahora su caso se reabre porque el arma homicida ha aparecido formando parte del programa de recuperación de armas. Para llevar a cabo la investigación, Rush entrevista a todos los dueños registrados del arma y a todos los que se vieron afectados, de una forma u otra, por su posesión. Mientras, Valens termina su relación con la hermana de Rush, Christina (Nicki Aycox) antes de que ésta descubra la verdad.

Un grupo de ladrones muy organizado perpetra un atraco matando a dos guardias de seguridad. Pero tras de sí dejan el dinero, por lo que el objetivo era otro. El equipo de Hawai 5.0 investigará el caso poniendo vigilancia a ese grupo las 24 horas. El problema es que para situar la camioneta camuflada tendrán que pedir permiso a la ex mujer de Danny, algo que no será nada fácil.

Una pareja de recién casados que se encuentra en su luna de miel es secuestrada. El hombre aparece muerto y la mujer logra escapar, pero no recuerda nada de dónde estuvo ni de los autores del secuestro. La única pista que tienen es la que ofrece el forense, que revela que el crimen presenta las mismas características que unos homicidios cometidos hace un año que todavía están sin resolver.

Un traficante de armas aparece muerto en las playas de Hawai. Kono consigue dar con el lugar donde fue lanzado el cuerpo y en ese mismo sitio los agentes especiales descubren, gracias a las cámaras de seguridad, que el delincuente se reunió con Victor Hesse, el hombre que mató al padre de McGarrett y que él mismo creía haber asesinado.

Mientras duerme Steve McGarrett, un intruso entra en su casa para intentar robar la caja de herramientas de su padre. McGarrett consigue descubrirlo pero se da a la fuga, aunque tiene una pista: el rostro era de un japonés, lo que le hace sospechar que el asesinato de su padre podría tener conexiones con la mafia japonesa. Steve empieza a sospechar que su hermana Mary Ann puede haber tenido algo que ver con el asalto a su casa, pero ésta ha desaparecido dejando un reguero de sangre en su apartamento.

Tras el violento secuestro de un experto en ciber-terrorismo en pleno centro de Waikiki, el equipo comandado por McGarrett trabajará contrarreloj para localizar a la víctima, que posee valiosa información sobre seguridad nacional.

El equipo se asocia con el FBI para localizar una célula terrorista en Los Ángeles que se cree que se está preparando para un ataque inminente.

Mientras el equipo continúa buscando una célula terrorista en Los Ángeles, Callen y Sam permanecen atrapados en una sala de cine después de que detonaron múltiples bombas y cada salida restante está conectada con explosivos.