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En la víspera de las elecciones, el Gobernador pide al equipo que investigue el asesinato de una prostituta que había mantenido una relación con un congresista.

Uno de los ejecutivos de la compañía Carnelian cae desplomado a los pies de Jane y su equipo durante un ejercicio de caída libre. Los investigadores se encontraban en el lugar del incidente porque habían recibido un anónimo avisándoles del suceso. El principal sospechoso es un antiguo empleado de la compañía al que le denegaron 50.000$ que previamente le habían prometido.

Un hombre se presenta en las dependencias del FBI con el cadáver de una mujer en un saco. Jane enseguida se da cuenta de que está hipnotizado, ya que no deja de afirmar que lo que lleva a sus espaldas es un saco de patatas. Cuando investigan la identidad del hombre y de la víctima, los resultados les llevan hasta un centro de hipnosis en el que un equipo de doctores enseña a los alumnos a hipnotizar para conseguir cualquier propósito. Un miembro del equipo de Jane correrá el peligro de ser hipnotizado e involucrado directamente en el caso.

La violenta muerte de Kristin Marley, ayudante de una senadora, hace levantar las sospechas sobre la relación que la víctima mantenía con el esposo de su superiora. Jane descubre que el matrimonio de la senadora estaba terminado, pero no encuentran ninguna prueba que pueda incriminarles porque ambos tienen una coartada. Será la aparición del hermanastro de Kristin lo que ponga al equipo en alerta. Mientras, Bosco continua escondiendo secretos sobre el caso de John "El rojo", algo que no gusta a Jane.

El CBIS recibe un anónimo alertando sobre un cadáver en un callejón. Cuando llegan a la escena, Lisbon identifica a la víctima como un pederasta al que detuvo años atrás. La investigación avanza hacia un camino inesperado al descubrir que la única huella encontrada como prueba y rastro del asesino es de la propia Teresa. El equipo se vuelca en la defensa de su jefa mientras Bosco pone trabas a su investigación.

Raj comienza a estar cansado de aguantar a Leonard todo el día en su casa mientras éste se encuentra con su hermana Priya. Por ello, decide irse a vivir con Sheldon, quien necesita un nuevo compañero de piso. Al igual que con su anterior inquilino, Sheldon le hará firmar un nuevo contrato de compañeros a Raj. Penny, al enterarse de la noticia de que Leonard se ha ido a vivir con Priya, acude a Sheldon y Raj para sobrellevar el bache. Sin pretenderlo, todo acaba en un terrible malentendido.

Sheldon hará uso de su capacidad como líder cuando se encuentre al frente del equipo de paintball, llegando incluso a sacrificarse por el equipo que se encuentra abatido tras los acontecimientos recientes. Mientras tanto, Penny se arrepiente del último episodio que protagonizó junto a Raj, temiendo que eso le haga perder la amistad de Leonard y los chicos.

Sheldon y Penny discuten cuando éste se entera de que la silla que ha traído su amiga y que es objeto de sus deseos tiene en realidad un origen que le produce auténtico rechazo. Tras intentar por todos los medios que ésta se deshaga del mueble, recurre a Amy para que intervenga entre los dos. Mientras tanto, Leonard intenta sobrellevar la relación a distancia con su novia después de que Priya regresara a la India.

Sheldon y Leonard entran en conflicto después de protagonizar un terrible malentendido con Amy. Mientras tanto, Howard y Bernadette atraviesan serias dudas en su relación cuando ésta le confiese que no accederá a convivir junto a la madre de ésta una vez estén casados. Howard se encuentra entre la espada y la pared ya que le resulta difícil separarse de ella.

Penny ve en su amiga un filón como pareja en potencia de Raj, quien empieza a sentirse desesperado por su incapacidad de relacionarse con las chicas. Mientras tanto, Sheldon encuentra una nueva manera de tomar las decisiones más vitales en su día a día: decide lanzar los dados de 'Dragones y Mazmorras' y así su mente podrá expandirse hacia otros temas. Sin embargo, esto dará lugar a situaciones un tanto rocambolescas.

Penny decide regalar a Sheldon y Leonard unas figuras del transportador de 'Star Trek', objetos que los chicos desean conservar dentro de sus cajas para preservar más su valor. Sin embargo, un incidente con el transportador de Sheldon creará en éste visiones del mismísimo Capitán Spock. Mientras, un desesperado Raj accede a tener una cita a ciegas organizada por sus padres.

La visita de Stephen Hawking a la Universidad revoluciona al grupo de amigos y, en especial, a Sheldon que intenta hacer lo imposible por conocer a uno de sus mayores ídolos. Sin embargo, el único que ha sido invitado al evento es Howard, y pese a las insistencias de su amigo, éste se niega a hacerle un favor a menos que haga lo que él quiera. Así, como compensación por haberse burlado de Howard, Sheldon tendrá que realizar una serie de tareas para que Wollowitz le haga llegar a Hawking su trabajo.

Raj organiza una despedida de soltero para Howard a la que acuden Sheldon, Leonard, Stuart, Barry Kriple y Wil Wheaton. En ella, Raj empieza a enumerar un sinfín de aventuras sexuales protagonizadas por el futuro marido de Bernadette. Aunque a priori están entre amigos y parece que no hay peligro de que llegue a los oídos de su prometida, Wheaton se encarga de grabarlo y colgarlo en internet. Mientras las chicas se encuentran arreglando los obsequios de la boda, Bernadette termina viendo el vídeo, lo que provoca su enfrentamiento con Raj, Howard e incluso con Penny por ser ella la que los había presentado.

A pesar de que en un principio la NASA advierte a Howard de que su viaje al espacio se debe retrasar por motivos técnicos, finalmente le informan de que su misión sí se llevará a cabo. Desgraciadamente, dicho vuelo coincide con la boda entre él y Bernadette, así que Howard recurre a métodos moralmente discutibles para retrasar su misión todo lo que pueda. Mientras, una discusión protagoniza la relación entre Leonard y Penny cuando éste menciona algo que incomoda a Penny mientras están manteniendo relaciones.

Howard se encuentra en la Estación Espacial Internacional a punto de ser mandado al espacio, cuando empieza a recordar, en plena cuenta atrás, su boda relámpago con Bernadette. Ante la inevitable marcha de Howard, ésta le confiesa que quiere ser su mujer antes de que se vaya, motivo por el cual todos sus amigos se ponen manos a la obra para convertirlo en realidad.

En un partido de fútbol en Hawai, el equipo investiga el asesinato de un ejecutivo de alta tecnología con la ayuda de un jugador estrella de fútbol.

Un avión aterriza en Oahu sin identificación con cuatro cadáveres a bordo y un detenido que ha desaparecido. El equipo tiene órdenes de la CIa para segui al fugitivo, quien pertenece a una organización terrorista latinoamericana. Informan a McGarret que el detenido es el único que tiene conocimiento sobre un inminente ataque terrorista en EEUU.

Después de que Steve McGarrett y Wo Fat consiguen escapar del centro de máxima seguridad, un grupo de hombres armados del Frente de Liberación Nacional irrumpe en la sede de la unidad 5.0, lo que que podría revelar el paradero secreto de Kono y Adam en Hong Kong.

John, Lucy y Angela investigan el sospechoso apuñalamiento de tres adolescentes. El equipo experimenta dificultades técnicas mientras maneja a un grupo de prisioneros y un animal salvaje.